保密資質申請步驟如下：

一、武器裝備科研生產單位保密資格分為一級、二級、三級三個等級。
1、一級保密資格單位可以承擔絕密級、機密級、秘密級科研生產任務；
2、二級保密資格單位可以承擔機密級、秘密級科研生產任務；
3、三級保密資格單位可以承擔秘密級科研生產任務。

二、國家保密局會同國家國防科技工業局、中央軍委裝備發展部，按照依法行政、方便行政相對人的原則，共同承擔一級保密資格受理申請和書面審查工作。服務窗口設在國家國防科技工業局，承擔受理申請和書面審查工作。
省、自治區、直轄市保密行政管理部門會同同級國防科技工業管理部門，共同承擔二級、三級保密資格申請受理和書面審查工作。受理申請和書面審查服務窗口參照一級保密資格認定受理機制設立，已設在省、自治區、直轄市保密行政管理部門的不作調整。

三、保密認證咨詢申請流程：
1、根據軍工保密資格標準在公司建立符合標準的保密體系，包括涉密人員培訓、教育、歸口管理，保密要害設立、改造，涉密計算機配置，保密工作檔案收集等等。
2、保密體系運作一段時間后，當公司覺得符合保密標準后，按照標準要求填報保密資格申請書及相關資料保送有關部門進行書面審查，其中一級單位直接向國家保密局進行申請，二、三級單位向單位所在省、自治州、直轄市進行申請。
3、通過書面審查的，應當進行現場審查。未通過書面審查的，終止審查，作出不予通過的決定。

四、對通過書面審查的單位，保密行政管理部門應當會同共同審批部門，在25個工作日內組成現場審查組進行現場審查。
1、一級保密資格申請單位現場審查組負責人由國家保密局會同國家國防科技工業局、中央軍委裝備發展部確定；
2、二級、三級保密資格申請單位現場審查組負責人由省、自治區、直轄市保密行政管理部門會同同級國防科技工業管理部門確定。
3、現場審查組工作人員應當從保密資格認定審查專家庫中隨機抽取，人數為5至8人。

五、現場審查會提前5個工作日書面通知申請單位，現場審查程序為：
1、聽取申請單位情況匯報和對有關事項的說明；
2、審查有關文字材料；
3、與主要負責人和有關方面負責人及有關人員談話了解情況；
4、組織涉密人員進行保密知識測試；
5、進行現場檢查，并作出檢查記錄；
6、對現場審查情況進行評議，研究或者表決形成審查意見和評分結果。填寫《武器裝備科研生產單位保密資格現場審查意見書》（以下簡稱審查意見書）；
7、現場審查組組長向申請單位通報審查意見和結論，對存在的問題提出整改要求；
8、現場審查組組長和申請單位法定代表人或者主要負責人在審查意見書上簽署意見。

六、現場審查結果分為“通過”、“不通過”或者“中止”。
依據相應等級的保密資格標準及評分標準，滿分為500分，達到450分（含）以上為現場審查通過，450分（不含）以下為現場審查不通過。審查中發現申請單位達不到《評分標準》所列基本項要求的，中止審查。未通過現場審查的單位，6個月內不受理再次申請。現場審查中止的，3個月內不重新進行現場審查。

七、被批準的一級保密資格單位，由國家保密局會同國家國防科技工業局、中央軍委裝備發展部發放證書，并列入啟錄定期發布。
被批準的二級、三級保密資格單位，由省、自治區、直轄市保密行政管理部門會同同級國防科技工業管理部門發放證書，并將有關審查材料報國家保密局、國家國防科技工業局和中央軍委裝備發展部備案，列入名錄定期發布。

八、武器裝備科研生產單位保密資格證書包括以下內容：
1、單位名稱；
2、法定代表人；
3、注冊地址；
4、證書編號；
5、資格等級；
6、發證機關；
7、有效期和發證日期。

注意事項：
1、武器裝備科研生產單位保密資格證書分為正本和副本，正本和副本具有同等法律效力。
2、證書樣式由國家保密局會同國家國防科技工業局、中央軍委裝備發展部統一制定。
3、保密資格證書有效期為5年。有效期滿，需繼續承擔涉密武器裝備科研生產任務的單位，應當提前30個工作日重新提交符合規定形式的申請材料。