基源鑒定又稱來源鑒別，是應用動物、植物、礦物的分類學知識，對中藥的來源進行鑒定研究，確定其正確的學名，以保證中藥的品種準確無誤。

基源鑒定的內容包括：原動植物的科名、動植物名、拉丁學名、藥用部位；礦物藥的類、族、礦石名或巖石名。以原植物鑒定為例，其步驟如下。

1.觀察植物形態

對具有較完整植物體的檢品，應注意觀察根、莖、葉、花和果實等部位的特征，對花、果、孢子囊、子實體等繁殖器官應特別仔細，并做好記錄。

2.核對文獻

在核對文獻時，**應查考植物分類方面的著作，如《中國植物志》、《中國高等植物圖鑒》、《新華本草綱要》、《中國中藥資源叢書》及有關的地區性植物志等；其次再査閱有關論述中藥品種方面的著作，如《新編中藥志》、《中藥材品種論述》，必要時，還需進一步查對原始文獻，以便正確鑒定。

3.核對標本

當初步鑒定出檢品是什么科、屬、種時，可以到相關標本館核對已正確鑒定學名的該科標本核對。如有條件，能與模式標本（發表新種時所被描述的植物標本）進行核對，或寄請有關專家、植物分類研究單位協助鑒定。這會使鑒定結果更為準確。

除經典的分類方法外，近幾十年來，隨著植物化學、分子遺傳學和分子生物學的發展，很多新的分類學如化學分類學、細胞分類學、數量分類學、DNA分子遺傳標記技術等現代分類方法和技術均可用于中藥的基源鑒定。

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