棉花是昌吉州農業農村經濟的支柱產業。近年來，隨著勞動力逐漸短缺、人工工資增加、種植成本不斷上漲的困擾，向規?；C械化、機采加工產業化發展已成為我州棉花產業的發展趨勢。在州黨委、政府的高度重視和大力支持下，州政府從2009年至今連續四年安排專項資金530萬元為機采棉加工設備改造進行補貼，全州各棉花收購加工企業積*籌措資金1.24億元，加快機采棉加工設備改造，并取得了一定的成效。截至目前，全州機采棉加工改造已達14家（瑪納斯4家、呼圖壁6家、昌吉4家），其中投資到位成規模的為4家，其余8家由于資金原因是在原生產線上附加了清花、皮棉清理、烘干等設備而形成投資相對較少的部分改造。
2012年我州種棉面積達152 0173 3840.53萬畝，籽棉總產約66萬噸（折合皮棉24.94萬噸），其中機采種植模式93.3萬畝，機采棉平均畝產365公斤，籽棉產量約34萬噸。全州采棉機保有量為82臺，實際機采、加工籽棉不到3萬噸。造成機采棉加工在我州沒有完全推開的原因：一是技改資金缺乏；二是加工出皮棉雜質較多（平均含雜2.5%，手摘棉加工后平均1.1%)；纖維長度低于手摘棉1―1.5毫米（27毫米居多）；加工出皮棉以四級為主（至少低手摘棉一個等級），三是紡織客戶未能完全接受機采棉，當棉花市場疲軟時，銷售難于普采棉，機采皮棉售價普遍低于市場價1500元/噸左右。機采棉的采棉時間一般在9月下旬后，按今年單產采棉費采兩遍180元/畝，約合0.5元/公斤，人工摘花費平均1.8元/公斤，每畝地節省474元，2012年我州棉花收均價7.93元/公斤，機采棉收購價6.3-6.5元/公斤（雜質13%、水分15%以內），機采棉每畝地又少賣558元，互相抵消減收80多元還不算多，另外機采棉的加工成本要高160元/噸。但有兩個優勢，一是機采籽棉基本無三絲；二是加工一致性比較好。
目前，全州改造機采棉加工廠已達14個，按每個軋花廠籽棉加工能力1.6萬噸左右計算，14個廠也就是22.5萬噸左右。我州機采棉種植面積計劃*終達到100萬畝，并且實現機械采收，按現在投入一條機采生產線，在原廠區基礎上也達1500萬元（包括土建部分）。單獨新建的機采生產線加工工藝成熟、軋花效率高、皮棉質量*終能接近手摘棉加工標準。因此，機采棉加工設備改造任重而道遠。為此建議：一是要政府大幅度提高補助資金(建議每年補貼資金集中投一個廠）；二是要改變棉農傳統種植觀念，建議采取由當地政府協調，專業合作社運作；或由紡織廠、棉花企業、銀行、種棉鄉鎮組成的股份制公司，從而形成一條完整的棉花產業鏈，這種股份制企業運作關鍵是軋花廠，能加工出達標皮棉，終端是紡織企業能接受的機采加工棉，鄰近的新疆兵團團場，棉花從種植到軋出皮棉95%的流程實現了機械化。