作者:宋檢 時間:2022-12-12 來源:互聯(lián)網(wǎng)
RNApoly(A)尾巴是成熟的mRNA和lncRNA的重要組成部分,對RNA穩(wěn)定性和翻譯起著重要的調(diào)控作用。然而目前的poly(A)尾巴檢測技術(shù)仍然非常有限。11月22日,中國科學院遺傳與發(fā)育生物學研究所陸發(fā)隆研究組在《自然-通訊》(NatureCommunications)發(fā)表題為Poly(A)inclusiveRNAisoformsequencing(PAIso-seq)revealswide-spreadnon-adenosineresidueswithinRNApoly(A)tails的文章,建立了一種稱為PAIso-seq的高靈敏度高準確度的RNApoly(A)尾巴檢測技術(shù)。
通過PAIso-seq發(fā)現(xiàn)轉(zhuǎn)錄組中存在數(shù)kb長的poly(A)尾巴。全長RNA信息讓研究人員可以去探索RNA可變剪切與poly(A)尾巴這兩種重要RNA轉(zhuǎn)錄后調(diào)控之間的關(guān)聯(lián)。PAIso-seq具有*高的靈敏度,能夠在單個卵細胞中實現(xiàn)轉(zhuǎn)錄組水平的poly(A)尾巴的檢測,為稀有微量樣本的全轉(zhuǎn)錄組poly(A)尾巴分析提供了技術(shù)基礎(chǔ)。包含poly(A)尾巴信息的全長轉(zhuǎn)錄本數(shù)據(jù)為研究者理解不同RNA轉(zhuǎn)錄后調(diào)控的協(xié)同作用與機制提供了重要的工具。
更有意思的是通過PAIso-seq發(fā)現(xiàn)poly(A)尾巴并不僅是人們之前認為的一段純A序列,也不僅僅在3’末端存在其他堿基修飾(U,G,C)。該研究揭示了在小鼠GV期卵中有超過17%的mRNApoly(A)尾巴的主體區(qū)域存在廣泛的U、G和C堿基的摻入。該發(fā)現(xiàn)將改寫教科書中關(guān)于RNApoly(A)尾巴組成的描述。近期在擬南芥、線蟲和人細胞系中也發(fā)現(xiàn)了poly(A)尾巴的主體中含有非A堿基,其中在線蟲和人細胞系研究中開發(fā)的FLAM-seq方法與PAIso-seq方法都是基于PacBio三代測序平臺。相較FLAM-seq而言,PAIso-seq在靈敏度上有非常大的優(yōu)勢。這些新發(fā)現(xiàn)的poly(A)尾巴內(nèi)部的非A堿基如何生成,對RNA起著什么樣的調(diào)控作用是接下來要回答的重要問題,該發(fā)現(xiàn)以及PAIso-seq方法為RNA轉(zhuǎn)錄后調(diào)控研究打開了一扇全新的大門。
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