從食品衛生觀點來看，食品中菌落總數越多，說明食品質量越差，病原菌污染的可能性愈大。每種細菌都有它一定的生理特性，培養時只有分別滿足不同的培養條件（如培養溫度、培養時間、PH、需氧性質等）,才能將各種細菌培養出來。但在實際工作中，細菌菌落總數的測定一般都只用平板活菌計數法，因而并不能測出每克或每毫升中的實際總活菌數，因此所得結果，只反映一群在普通營養瓊脂中發育的、嗜溫的、需氧和兼性厭氧的細菌菌落的總數。菌落總數并不能區分細菌的種類，有時被稱為雜菌數或需氧菌數等。

細菌總數檢測的意義：

1、代表食品清潔狀態的標志?

（1）食品中的細菌來自其生產、運輸、儲存、銷售各環節中的外界污染；（2）在食品衛生標準中制定各種食品細菌總數的容許限量，可保證食品生產的清潔狀態。

2、預測食品耐儲藏的期限?

例：單位體積的魚體菌落數目越少，在同樣的儲藏溫度下，其保質期就越長。?

大腸菌群是國內外通用的食品污染常用指示菌之一。食品中檢出大腸菌群，提示被致病菌（如沙門氏菌、志賀氏菌、致病性大腸桿菌）污染的可能性較大。《食品安全國家標準 沖調谷物制品》（GB 19640—2016）中規定，同批次5個獨立包裝產品中大腸菌群的檢測結果均不得超過102CFU/g，且至少3個獨立包裝產品檢測結果不超過10CFU/g。沖調谷物制品中大腸菌群超標的原因，可能是產品所用原料、包裝受到污染；也可能是生產加工過程的衛生條件控制不嚴格等。

其他食品檢測項目：

重金屬：鎘Cd、鉻Cr、鉛Pb、砷As、汞Hg、重金屬總量；

硝酸鹽類：硝酸鹽、亞硝酸鹽；

生物毒素：黃曲霉素M1、B1、B2、G1、G2、嘔吐毒素、赭曲霉毒素A、T-2毒素、玉米赤酶烯酮、微囊藻毒素-LR；

其他毒害物質：丙烯酰胺、二甲基亞硝胺、二乙基亞硝胺；

其他污染物：六氯苯、烷基汞。