一般認為功能食品和機能食品比較相似，但日本明確規定，保健機能食品分為三類：特定保健用食品、營養機能食品和機能性標示食品。日本在機能食品法規方面進行了很大的變革，這對于消費者和業界而言都頗有助益，也可以提供很好的參考。FOODAILY也曾分享過日本功能食品專題，提到了日本保健食品功能制度。

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特定保健用食品須由日本消費者廳審查、取得許可證方可銷售，類似于中國的藍帽子認證，包括特定的健康食品、特定健康用途的食品、特定保健食品、特定健康食品和有條件指定保健食品等。營養機能食品若符合標準則不需許可申請和通知即可銷售，限定為13種維生素、6種礦物質、1種脂肪酸。而機能性標示食品需在販售前60天提出申請，只要擁有系統性文獻或者臨床實驗數據就可以銷售，但如果后續有虛偽夸大或者誤導還是予以處罰。

這其中機能性標示食品具有很大的參考價值。目前不論是在臺灣還是內地，想要申請藍帽子或者臺灣健康食品認證，都需要付出巨大的時間成本。而機能性標示食品的優勢是銷售前60天提出申請即可，時間可以大為節省。機能性標示食品2015年被創設出來，只要說明產品含有成分A、具有B功能即可，條件非常寬廣。

機能性食品的出現為日本帶來了很大的改變。一方面，對于消費者而言，他們可以更輕松地依據需求來選擇商品。另一方面，對于業界也非常有利，企業可以以更直接的表現方式向消費者傳達商品機能，易于銷售同時降低成本負擔。以發展的角度來看，消費者對于產品新機能有期待感，從而帶動食品企業研究的投資。正是這樣積*的正向循環，加速了保健食品市場的發展。

統計數據顯示，機能性標示食品設立之后，日本保健食品市場發展受到了*大推動：2015年之前日本保健食品市場增長率出現下滑，而2015年重新開始逐步成長。2017年日本保健食品市場規模達到了12272億元日幣，在市場份額*多的食品原料中就出現了好幾種藥食同源的食品。

截至2019年3月底，日本共有152 0173 3840件商品獲得機能性標示食品許可，主要產品類型為補充品形態加工食品、非補充品形態加工食品和生鮮食品，可以看到黑醋、即食蒸煮大豆、柑橘、生鮮黃豆芽都可以列為機能性食品。