在香菇生產的過程中，常受到病蟲的危害，如果防治不利，會使香菇栽培陷入惡性循環的境地，輕則造成減產，重則栽培失敗，所以，必須引起高度重視。
　
　一、木霉
　
　木霉又稱為綠霉菌，廣泛分布于各種植物殘體、土壤和空氣中。木霉靠孢子傳播，常借助氣流、水滴、昆蟲、原料、工具及操作人員的手、衣服等為媒介，侵入培養基內，一旦條件適宜就萌發繁殖為害。當生產環境不清潔、培養料滅菌不徹底、接種操作不嚴格，且處于高溫高濕條件時，就給木霉侵染造成良機，尤其是多年的菇場和老菇房，常是木霉猖獗危害的場所。
　
　危害香菇生長的所有雜菌中，木霉威脅*大。木霉適應性強，繁殖速度快，它本身能分泌毒素，抑制香菇菌絲生長。木霉能生長在生長勢減弱的香菇菌絲體上，使香菇組織細胞溶解死亡。
　
　木霉在4～42℃范圍內都能生長，孢子萌發喜高濕環境，侵害香菇培養基時，初期為白色棉絮狀，后期變為綠色。菌種如果被木霉危害，必須報廢，即使輕度感病的菌種也應棄之不惜。
　
　木霉至今沒有理想的根治性藥物，常用的殺菌藥，對木霉只是抑制，而不是殺死，加大藥量，只能同時殺死木霉和香菇菌絲。因此，創造適合香菇菌絲生長而不利于木霉繁殖的生態環境，是控制危害的根本措施。
　
　一旦發生木霉為害，要立即通風降濕，以抑制木霉菌的擴展，處于發菌階段的培養料感病以后，可采用注射藥液的方法抑制木霉擴張，常用的藥液有5％的石碳酸、2％的甲醛、1：200倍的50％多菌靈、75％甲基托布津、pH值為10的石灰水，此外，往污染處撒白灰面，防治效果也很好。
　
　二、鏈孢霉
　
　鏈孢霉生長初期呈絨毛狀，白色或灰色，生長后期呈粉紅色、黃色。大量分生孢子堆集成團時，外觀與猴頭菌子實體相似，鏈孢霉主要以分生孢子傳播為害，是高溫季節發生的*重要雜菌。鏈孢霉菌絲頑強有力，有快速繁殖的特性，一旦大發生，便是滅頂之災，其后果是菌種、培養袋或培養塊成批報廢。
　
　防治鏈孢霉，**應盡量避免在高溫季節生產。在香菇發菌階段溫度*好控制在20℃以下，這樣鏈孢霉生長緩慢，可減少污染。香菇發菌場所潮濕有助于鏈孢霉的發生，所以控制發菌場所的濕度就可以有效地防止鏈孢霉發生。鏈孢霉的藥物防治可參照木霉的防治。菌袋生產時，如果發現鏈孢霉，要在分生孢子團上滴上柴油，可防止鏈孢霉的擴散。菌袋發菌后期受害，一般不要輕意報廢，可將受害菌袋埋入深30－40厘米透氣差的土壤中，經10－20天缺氧處理后，可有效減輕病害，菌袋仍可出菇。
　
　三、毛霉
　
　毛霉又叫黑霉，長毛霉，菌絲初期白色，后灰白色至黑色，說明孢子囊大量成熟。該菌在土壤、糞便、禾草及空氣中到處存在。在溫度較高、濕度大、通風不良的條件下發生率高。生長速度明顯高于香菇菌絲，毛霉菌絲體每日可延伸3厘米左右。
　
　毛霉在香菇菌絲體培養期間侵染時，蔓延速度快，數日內便能布滿基質，而受害的香菇菌絲則生長緩慢，步履艱難，盡管*終仍能伸達基質各處，但香菇菌絲已無正常濃白色，而是呈灰黃色。
　
　發生的主要原因是基質中使用了霉變的原料，接種環境含毛霉孢子多，在悶濕環境中進行菌絲培養等等。防治方法同木霉。
　
　四、螨類
　
　螨類包括紅蜘蛛、菌虱。其發生環境主要潛藏在廄肥、飼料和培養料內，雞窩畜舍，谷物倉庫或環境條件差，腐殖質豐富的場所，往往有大量的螨類存在。螨類非常微小，發生初期常被忽視，一旦爆發易釀成大災。螨類在香菇生產的各個階段均可能造成為害，取食香菇菌絲體及子實體。
　
　培養基發螨害后，接種部位的菌種塊不萌發或萌發后菌絲外觀稀疏暗淡，并逐漸萎縮，嚴重時培養料中的菌絲會被全部吃光，造成栽培失敗。
　
　搞好培菌場所的環境衛生，可有效地杜絕螨害的發生。對發生螨害的培菌室，在重新使用前用敵敵畏等藥物熏蒸殺螨。菌絲體培養期間可噴灑1000倍液的三氯殺螨醇或500倍液的克螨特效果較好。子實體培育期間不宜用藥，否則菇體易產生藥害，食用后危害人體健康。