新疆棉向內地移庫的兩種途徑是鐵路運輸和公路運輸。在公路與鐵路運輸棉花同樣實行500元/噸的運費補貼政策實施后，公路運價與運到時限較鐵路有明顯優勢，汽運成為疆棉外運的**。據中國鐵路總公司數據顯示，2015年鐵路棉花年運量在380-400萬噸，2015年出現嚴重下滑，全年完成279萬噸，同比下降43.8%，2016年1-8月鐵路累計發運棉花75萬噸，同比下降55.2%。

9月21日，被稱為史上*嚴限超令的《超限運輸車輛行駛公路管理規定》開始實行，該規定降低了超限超載標準噸位，導致皮棉公路出疆運輸費用有較大幅度上漲，原來六軸車可裝152 0173 3840-175件，現在只能裝130-135件，理論上，這將使得棉花運輸成本至少上漲20%。在此情況下，10月初新疆棉向內地移庫的汽運價格上調100元/噸左右，10月中下旬上調120-150元/噸，11月份汽運費用全線上調100-200元/噸，累計漲幅超300元/噸。由于汽運費用的上調，棉企又將目光轉移到了鐵運，那么鐵路運價怎么樣呢？據烏魯木齊鐵路局規定，11月1日起，58-60噸棚車運費由之前的下調7%恢復至原價，70噸棚車運費下調8%。

不管是鐵運還是汽運，運費都有明顯上漲，新疆棉企接受高額的運費，那么新疆棉向內地銷售的問題就能解決了嗎？并非如此，據奎屯地區倉庫介紹，周邊鐵路運輸已經全部預定至12月中旬，眼下正值新疆大棗、核桃等農產品以及能源集中出疆的時候，加上公路運輸成本增加，導致大量出疆棉花流向鐵路，加劇了車皮緊張的情況。汽運方面，雖然運費有所上漲，但車隊、個體司機并不感冒。11、12月份疆內棉花短倒入庫壓力仍很大，司機不愁沒有活干，再加上疆內一輛車可以運輸186包(出疆只能裝運133包左右)、時間短、收入高，加之新疆地區低溫、降雨、降雪天氣到來，向內地運輸周期長、危險較大，因此疆內車輛并不愿意出疆。

這樣看來，新疆棉大量向內地移庫銷售還需時日，內地紡企若不能及時用上新疆棉，也可以考慮使用地產棉。從2016年公證檢驗數據來看，今年不少地區的地產棉指標有明顯提高，可以滿足部分紡企需求。